襲い来るエルザたちの猛攻を退け、大兎との戦いでベアトリスとの契約を果たした「聖域」の解放から1年が過ぎた。王選に臨むエミリア陣営は一致団結、充実した日々を送っていたナツキ・スバルだったが、平穏は使者によって届けられた一枚の書状によって終わりを告げる。それは王選候補者の一人、アナスタシアがエミリアへ宛てたルグニカの五大都市に数えられる水門都市プリステラへの招待状だった。招待を受け、プリステラへ向かうスバルたち一行を待っていたのは様々な再会。一つは意外な、一つは意図せぬ、そして一つは来るべき。水面下で蠢く悪意の胎動と降りかかる未曾有の危機。少年は再び過酷な運命に立ち向かう。