世界最高峰の探偵養成学校BLUEで天才と呼ばれながら、ある致命的な“欠陥”を抱え、探偵の資格を剥奪された鴨乃橋ロン。不遇の歳月を過ごした彼の運命は、警視庁捜査一課の一色都々丸――通称「トト」との出会いによって大きく変わる。謎を解くロンと、捜査に動くトト。難事件を次々と解決する二人は、次第に名コンビとなっていく。そんなロンの行動に目を光らせるBLUEの内部には、彼の理解者もいた。その一人である校長のエメリッヒは、ロンを追放するきっかけとなった「血の実習事件」が何者かに仕組まれたものだと語る。裏にいたのは、数多くの未解決事件に関わる「史上最悪の犯罪一族」――M家だった。当主の名は、マイロ・モリアーティ。彼はロンにさらなる絶望を与えるため、妹のウィンターを日本に送り込む。ロンとマイロ、両者の間にある因縁とは……!?