大人気を呼んだ同題の美少女SFアニメのテレビシリーズをもとに、新作作画や追加作画を交えながら三部作に構成した劇場版の第2部。後藤圭二監督によるディレクターズ・カット版。惑星アウレーの労働者の側に立つエクレール。その結果、宇宙惑星連合の実質的支配階級ノーブルズとその機関“政府総局”に楯突く形になったエクレールとリュミエールは、GOTTの登録を抹消された！　追われる立場になったエクレールたち。二人の抹殺命令を受けた粛清部隊チーム2たちをかわしながら、彼女たちはGOTTの本部へと乗り込む。そこに待つものは!?　テレビシリーズ第12話から第18話あたりまでのエピソードを再構成。テレビシリーズ中盤のハイテンションなパートを大筋にしながら、主人公たちにからむ強烈な意外性の部分をクライマックスに設定。深遠なSF世界観を新作部分の効果で、より明快に伝えようとしている。