皇歴2017年（革命暦228年）、ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦争は続いていた。劣勢のE.U.軍は、イレヴン――ブリタニアに占領された亡国の日本人――を集めた特殊部隊、wZERO隊を設立した。そして、wZERO隊に新たな指令が下る。それは陽動のため敵中降下を命じる過酷な内容だった。ｗZERO隊のパイロットは、隊長のレイラ以下、先の戦闘での唯一の生き残り日向アキト、イレヴンのゲットーを逃げ出し闇社会で生きてきたリョウ、ユキヤ、アヤノのみ。それぞれがさまざまな思惑を抱えたまま、作戦は発動する。一方、ユーロ・ブリタニアでは恩人を謎の力“ギアス”で自死させたシンが、聖ミカエル騎士団の総帥に任命される。自らの野心のために着々とあゆみを進めるシンと、配下のアシュラ隊に出動命令が下る。 闘う為に生きる者と、生きる為に闘う者。 凄惨極まる戦場のさなか、恐るべき真の力を発揮したアキトと、シンがついに相まみえる！