“因为我决定，要成为樱的正义伙伴。”少年已无法逃避事实，这是为了拯救少女，也是为了贯彻自己选择的正义。围绕着能够实现任何愿望的“圣杯”，魔术师（御主）与英灵（从者）所展开的“圣杯战争”经已扭曲。间桐樱与所犯下的罪孽，一同沉溺在无尽黑暗中。而发誓要守护樱的卫宫士郎，为了终结圣杯战争，投身于残酷的战斗中，与远坂凛一起作战。另一方面，知晓战争内幕的伊莉亚丝菲尔．冯．艾因兹贝伦，亦挺身面对自己的命运。“所以，咬紧牙关吧，樱。”少年力抗暴风、挑战命运，他的愿望能否传达给少女？终于迎来结局的“圣杯战争”，最后之战即将揭幕！