小宇宙（コスモ）を燃やして、聖域（サンクチュアリ）を駆ける！神殺しの矢に射られた女神アテナに刻々と死が忍び寄る。その矢を引き抜けるのは聖域の頂上に鎮座する教皇ただ一人。女神アテナを救うため、星矢たち5人の青銅聖闘士は十二の宮を12時間以内に突破し、聖域の頂上、教皇の間を目指す。しかし十二の宮はそれぞれ究極の黄金聖闘士たちによって護られ、星矢たちの行く手を阻む。聖域の火時計が沙織に残された時を刻む中、星矢たち青銅聖闘士は、はかり知れない強大な敵と闘いを繰り広げ、聖域を覆う不穏な闇に迫っていく。