在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为──被认为是由地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并实行了军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将巴纳吉出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙──“机动战士高达 独角兽”托付给他。随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了。