异次元空间『影之世界』持续侵蚀世界。人类不得不面对影世界带来的最可怕的灾难『影子迷宫』。「戴基尔·阿曼德」与同伴一同对抗最后一个『影子迷宫』的最终头目破灭龙（波罗米欧·纳波利坦），却仍迎来世界的灭亡结局。就在戴基尔万念俱灰的瞬间眼前出现了熟悉的光景……竟是13年前的世界。戴基尔竟回到了他的母校，全帝国第一的魔法学园「赫布里温学院」的开学典礼上。于是他为了拯救世界，再次集结伙伴们，起身反抗终将到来的灭亡命运！